华森制药高度重视研发创新，早在2003年就设立了专门研发机构成都华森药物高新技术有限公司，2014年进行研发机构合并，在重庆设立药物研究院从事研发工作。研发领域涵盖中药栽培种植、提取、经典名方及中药制剂的研究开发，化学合成系列原料药及其制剂的研究开发，产品涉及消化系统、神经精神系统、耳鼻喉、肿瘤、内分泌调节、心脑血管等多个治疗领域。在产品研发中不光依靠自己的力量，还广泛地与国内外企事业单位在药物发现、制造工艺开发、智能制造、药物临床研究等领域进行共同研发，积极应对在全球医药产业格局变化下所带来的新机遇和挑战。