华森药物研究院拥有院士科研工作站和博士后科研工作站，研发中心建筑面积5000平方米，累计投资近亿元。设有中药、化学合成、制剂、分析质量、临床、信息中心等部门，各研发专业平台均拥有研发实验室与中小规模的试制车间，为新产品、新工艺开发到产业化提供了无缝衔接。同时还设置了知识产权部、药品注册部、研发质量管理等配套机构。研究院现有研究人员200余人。

药物研究院拥有现代先进的研发设施，包括干法制粒机、湿法高效制粒机、多功能流化床、摇摆制粒机、冷冻干燥机、高效包衣机、微丸包衣机、喷雾干燥机、气流粉粹机、锤击粉碎机、胶囊填充机、旋转压片机等工艺研究设备，高效液相色谱仪、超高效液相色谱仪、气相色谱仪、液相-质谱联用仪、气相-质谱联用仪、原子吸收光谱仪、红外光谱仪、激光粒度仪、水分吸附分析仪、薄层扫描仪、偏光显微镜、溶出仪等分析检测设备。公司成立至今已成功完成了系列新药的产业化研究，是"国家现代中药制药工程技术平台"和 "重庆市现代中药制药工程技术研究中心"、"重庆市中药提取分离技术工程研究中心"。